سازمان علمی دانشنامۀ هزاره متشکل از شورای علمی، شورای مشاوران، گروه‌های ویراستاران علمی و ارزیابی و گروه‌های منطقه‌ای است.
شورای علمی
شورای علمی دانشنامه با شروع تدوین جلد اول دانشنامه در سال ۱۳۹۶ خورشیدی با رویکرد ارزیابی مدخل‌ها تشکیل شد. اعضای شورای علمی دانشنامه در جلد اول دانشنامه شامل محمداسلم جوادی، نبی خلیلی، حسن رضایی، اسدالله شفایی، ابوطالب مظفری و حمزه واعظی بود و در حال حاضر اعضای آن داکتر یحیی بیضاء، محمدعلی جویا، نبی خلیلی، حسن رضایی، اسدالله شفایی، داکتر یونس طغیان ساکایی، داکتر محمدسرور مولایی و پروین ولی‌زاده (منشی شورای علمی) است و ریاست آن را ابوطالب مظفری بر عهده دارد . وظایف شورای علمی عبارتند از: تدوین شیوه‌نامه و نظردهی دربارۀ مفاد علمی و فنی آن؛ تعیین چارچوب و حدود مدخل‌های دانشنامه در موضوعات مختلف؛ بررسی و ارزیابی مدخل‌های هر جلد به لحاظ ارزش‌داوری، پیش‌داوری، قضاوت‌های ارزشی، گرایش‌های متعصبانه و جانب‌دارانه و استناددهی از منابع دست اول و درست و رعایت سیاست‌های کلی دانشنامه؛ نظردهی بعد از ارزیابی مدخل‌ها در گروه‌های ویراستاران علمی و ارزیابی؛ خوانش و تصویب مدخل‌های جنجالی و مهم؛ بازنگری نهایی و تصویب مدخل‌های هر جلد.
شورای مشاوران
بنیاد علمی دانشنامه به منظور مشورت‌خواهی دربارۀ برخی موضوعات و اتخاذ برخی سیاست‌های علمی در تدوین و نگارش دانشنامۀ هزاره شورای مشاوران دانشنامه را از میان محققان و پژوهشگران تشکیل داده است. شورای مشاوران متشکل از محمدامین احمدی، عباس پویا، سرور دانش، محمدعلی داوطلب، عزیزالله شفق، سلطان‌علی کشتمند، سید عسکر موسوی، سید غلام‌حسین موسوی و کاظم یزدانی است. وظایف مشاوران عبارتند از: نظردهی دربارۀ برخی سیاست‌های کلی دانشنامه که از طرف شورای علمی نظرخواهی شده است؛ مشاوره در انتخاب برخی مدخل‌های تاریخی در حوزۀ جغرافیا و تاریخ قوم هزاره؛ مطالعه مدخل‌ها به انتخاب شورای علمی و نظردهی دربارۀ آن‌ها است.
گروه‌های ویراستاران علمی و ارزیابی
گروه‌های ویراستاران علمی و ارزیابی در پنج گروه تاریخ، جغرافیا، سیاست و تاریخ معاصر، فرهنگ و مهارت‌های ویژه تشکیل شده است. هرکدام از گروه‌ها شامل زیرگروه‌های موضوعی هستند. شورای علمی دانشنامه به منظور ارزیابی تخصصی مدخل‌های دانشنامه، گروه‌های ویراستاران علمی و ارزیابی را با انتخاب افراد از میان متخصصان و محققان رشته‌های مختلف تشکیل داده است. برخی اعضای گروه‌های ویراستاران علمی و ارزیابی عبارت‌اند از:
گروه تاریخ: محمدامین زواری، عباس دلجو، فاضل کیانی، عبدالحکیم محمدی (کاظمی)، سید غلام‌حسین موسوی، خادم‌حسین ناطقی شفایی کیو و کاظم یزدانی؛
گروه فرهنگ: علی‌بابا اورنگ، عارف جعفری، محمدجواد خاوری، طاهر خاوری، محمدشریف سعیدی، حفیظ‌‌الله شریعتی، محمدحسین محمدی و شوکت‌علی محمدی شاری؛
گروه سیاست و تاریخ معاصر: عوض‌علی اعتمادی، عباس پویا، سید اسحاق شجاعی، جواد صالحی، الهام غرجی، قربان‌علی فصیحی (غزنوی)، حبیب‌الله فهیمی و اسدالله کشتمند؛
گروه جغرافیا: علی‌داد لعلی و حسن مالستانی.
روند گسترش گروه‌های ویراستاران علمی و جذب کارشناسان و متخصصان در عرصه‌های مختلف همچنان جریان دارد. وظایف گروه‌ها شامل مواردی مانند کنترل ساختار مقاله و جامعیت مدخل در موضوع موردنظر؛ بررسی انسجام منطقی متن مقاله و عاری بودن آن از هر نوع تعارض و تناقض با توجه به موضوع مدخل؛ بررسی کاربرد منابع دست اول و بررسی داده‌ها در موضوع مدخل؛ بررسی و تصحیح اشتباهات تاریخی و اصطلاحات علمی و فنی در موضوع مدخل است.
گروه‌های منطقه‌ای
بخش قابل توجهی از مدخل‌های دانشنامه را مناطق جغرافیایی اعم از ولایت، ولسوالی، منطقه، قریه، پدیده‌های طبیعی چون دره، کوه، رودخانه و آثار باستانی تشکیل می‌دهد. با توجه به وضعیت کنونی کشور که امکان اعزام گروه‌های تحقیق به منظور جمع‌آوری اطلاعات، مشاهدات عینی و انجام مصاحبه با افراد بومی وجود ندارد. بنیاد دانشنامه بر آن شد تا گروه‌های منطقه‌ای را از میان افراد بومی و علاقه‌مند تشکیل دهد. گروه‌های منطقه‌ای دانشنامۀ هزاره در سطح ولسوالی تشکیل شده است. گروه‌ها شامل یک سرگروه و سه عضو هستند. اعضای گروه از مناطق مختلف ولسوالی هستند تا بتوانند کل ولسوالی را پوشش دهند. گروه‌های منطقه‌ای اطلاعات مندرج در مدخل‌های ولسوالی را قبل از چاپ تأیید کرده و بعد از چاپ هر جلد دانشنامه نیز در قبال اطلاعات مندرج پاسخ‌گو خواهند بود. تاکنون برای تعدادی از ولسوالی‌ها گروه تشکیل شده است، افراد همکارِ دانشنامه (سرگروه‌ها) در گروه‌های منطقه‌ای شامل عباس اسکندرزاده، محمد امینی، عبدالعلیم برهانی، محمود جعفری، علی جعفری، علی دانش، حمیدالله رفیعی، حسین رهیاب، حمید زکی، احمد سعادت، عبدالعلی عادلی، محمدهاشم علی‌زاده، حسن‌رضا فهیمی، شوکت‌علی محمدی‌شاری، محمدحسن ناطقی و غلامرضا نوید است. روند تشکیل گروه‌ها همچنان جریان دارد و بنیاد دانشنامه در نظر دارد برای تمام ولسوالی‌های هزاره‌نشین گروه منطقه‌ای داشته باشد. همچنین گروه‌های منطقه‌ای در معرفی مدخل‌های محلی با دفتر دانشنامه همکاری دارند و دفتر دانشنامه نیز در زمینۀ مدخل‌یابی از گروه‌ها مشورت لازم را می‌گیرد.