بازنگری جلد اول دانشنامه با گردآوری و بررسی نقدها و نظرخواهی از صاحب‌نظران از ابتدای سال ۱۳۹۸ خورشیدی آغاز شد. ویرایش دوم با تغییرات کلی و موردی، بعد از دو سال در خزان ۱۳۹۹ خورشیدی به چاپ رسید.
بازنگریهای کلی و موردی
عمده بازنگریهای جلد اول دانشنامه، به دو صورت کلی و موردی عبارت است از:
الف. ویراستاران دانشنامه تمام مدخل‌های چاپ‌شده را دوباره ویرایش کردند؛
ب. تمام مدخل‌های چاپ‌شده، به لحاظ منابع تازه بازنگری و شمار زیادی با منابع جدید به‌روز شد؛
ج. مدخل‌های شخصیت‌های معاصر به صورت موردی بازنگری شد، تناقض و نقص اطلاعات آن‌ها برطرف و تکمیل شد؛
د. مدخل‌های قریه با گرفتن اطلاعات از برخی منتقدان و یا بازنگری در گروه‌های منطقه‌ای تکمیل و اصلاح شد.
حذف مدخل
شورای علمی با مشاوره با برخی کارشناسان، ۹ مدخل را از چاپ اول حذف کردند که عبارت است از:
۱. آفتاب، بنیاد فرهنگی: در بازخوانی‌ها، برخی از کارشناسان هم‌نظر بودند که مدخل با نام کامل «بنیاد فرهنگی_ سیاسی آفتاب» شناخته می‌شود. بهتر است در ردیف حرف «ب» قرار گیرد؛
۲. آقا‌صوفی پایین، قریه‌ای در ولسوالی آب‌کمری ولایت باغیس: این مدخل به دلیل اشتراک محتوا و اطلاعات با مدخل «آقا‌صوفی بالا» حذف شد. اطلاعات دو مدخل باهم ادغام شد و صفات بالا و پایین از عنوان حذف شد؛
۳. ابدالی، باباحسن، سرسلسله سادات افغانستان: این مدخل به علت یکی بودن با مدخل «باباولی، از سادات صوفیه» حذف شد؛
۴. ابراهیم بیگ سیاه‌خوله، از میران دورۀ عبدالرحمان: به علت یکی بودن با «ابراهیم بیگ، از میران هزارۀ سرجنگل» حذف شد؛
۵. اخپوتی، قریه‌ای در ولسوالی مالستان ولایت غزنی: طبق نظر کارشناس محلی این قریه به علت کوچکی و جمعیتِ کم معیار مدخل شدن را نداشته است؛
۶. ارشاد، تشکل سیاسی و نظامی: طبق نظر کارشناسان این مدخل با عنوان «حزب ارشاد» خوانده می‌شود، به همین علت از جلد اول حذف شد و در ردیف حرف «ح» گنجانده خواهد شد؛
۷. اسطورۀ شکسته، کتاب، تحلیلی دربارۀ عبدالعلی مزاری: این مدخل طبق نظر برخی منتقدان حذف شد؛
۸. بابه قلغ، جد مردم شیخ‌علی: این مدخل به علت ضعیف بودن مستندات حذف شد؛
۹. بابه ولی، پدر کلان بخشی از مردم ولسوالی ناهور: این مدخل به علت ناقص بودن و مستند نبودن حذف شد.
افزایش مدخل
در دورۀ اصلاحات جلد اول دانشنامه تعدادی مدخل از طرف منتقدان و خوانندگان دانشنامه پیشنهاد شده بود. این پیشنهاد‌ها بررسی شد و در نهایت ۱۸۴ مدخل جدید تألیف و تدوین شد. در مجموع تعداد مدخل‌های ویرایش دوم جلد اول دانشنامه به ۷۷۹ مدخل افزایش یافت.
مدخل‌های ارجاعی
علاوه بر حفظ مدخل‌های ارجاعی چاپ اول، تعدادی از مدخل‌ها فرعی تشخیص داده شد و متن مدخل حذف شد و عنوان‌ها به مدخل‌های اصلی ارجاع داده شد که در آینده نوشته خواهد شد. مدخل‌های ارجاعی ویرایش دوم عبارت است از:
۱٫ آبشار، ولسوالی در ولایت پنجشیر: این ولسوالی در اصل به نام «درۀ هزاره» شناخته می‌شود. به خاطر حفظ اصالت نام این منطقه، متن مدخل حذف شد و عنوان آن به مدخل « درۀ هزاره، منطقه‌ای در ولایت پنجشیر» که در آینده نوشته خواهد شد، ارجاع داده شد؛
۲٫ آتش‌خانه، قسمتی از فضای خانه‌ها در هزاره‌جات: در اکثر مناطق هزاره‌جات اصطلاح «سیاخانه» رایج است. متن آن حذف شد و عنوان آن به «سیاخانه، بخشی از خانه در هزاره‌جات» ارجاع داده شد؛
۳٫اَتَلَه، نوعی غذا در هزاره‌جات: این غذا همان لیتی است که در بخشی از هزاره‌جات به این نام شناخته می‌شود. اَتَلَه به مدخل «لیتی، نوعی غذا در هزاره‌جات» که در آینده نوشته خواهد شد، ارجاع داده شد.
بازنویسی مدخل‌ها
بعد از بازنگری و نمونه‌خوانی کل متن چاپ اول، دربارۀ نحوۀ اصلاح و تکمیل مدخل‌ها به صورت موردی تصمیم‌گیری شد. تعدادی از مدخل‌ها به گروه‌های ویراستاران علمی و ارزیابان سپرده شد و با دسته‌بندی نظر گروه‌ها، دربارۀ بازنویسی مدخل‌ها تصمیم‌گیری شد. مدخل‌هایی که بازنویسی آن‌ها بیش از ۸۰ درصد بود،به طور کامل بازنویسی و به نام مؤلف جدید ثبت شد و در پایان مدخل برای حفظ حق معنوی، از مؤلف قبلی نام برده و از او تشکر شده است. مدخل‌هایی که اصلاح و تکمیل‌شان بیش از ۵۰ درصد بوده است، به صورت دو‌مؤلفی در ویرایش دوم آمده و بنا به سیاست بنیاد دانشنامه برای حفظ حق معنوی و تقدم، اول نام مؤلف قبلی و بعد نام مؤلف جدید آمده است. مدخل‌هایی که تکمیل‌شان بر اساس اطلاعات دریافتی از کارشناسان و یا اشخاص بومی بوده و تغییرات‌شان در حد چند عبارت یا پاراگراف بوده است، بازنویسی‌شان را مؤلفِ مدخل انجام داده و به نام کارشناس یا فرد بومی در منابع پایانی مدخل، به صورت «یادداشتِ… بر مدخلِ …» ارجاع داده شده است.
بنیاد دانشنامۀ هزاره
۱۰ جدی ۱۳۹۹ خورشیدی / ۳۰ دسمبر ۲۰۲۰ میلادی
؛ بازنگری کلی و موردی){kind=link}